Lipopolysackaridneutral lösning kan förvaras i rumstemperatur i flera månader, och dess biologiska aktivitet förändras inte nämnvärt. Om den förvaras vid 4 ℃ eller i ett lågtemperaturkylskåp kan dess biologiska aktivitet förbli oförändrad i flera år till decennier. Torrt lipopolysackaridneutralt pulver kan förvaras i rumstemperatur eller i kylskåp i decennier eller längre utan att förlora sin biologiska aktivitet.

När lipopolysackarid placeras i en sur lösning vid rumstemperatur, genomgår dess molekyler partiell nedbrytning. Denna förändring involverar huvudsakligen klyvning av glykosidbindningar mellan polysackarid och lipid A, och klyvning av lipid A1-glukosidbindningar. Uppvärmning kan främja denna reaktion. En stark syralösning kan fullständigt förstöra lipopolysackarid under uppvärmningsförhållanden.

Alkaliska faktorer har stor inverkan på lipopolysackaridmolekyler, främst på lipid A-molekyler. Vid denna tidpunkt är 4-fosfatesterbindningen på lipid A-skelettet och fettsyraesterbindningen på 3 och 3 positionerna lätta att förstöras, vilket kan göra att molekylen splittras. Vid denna tidpunkt förlorar de nedbrutna molekylerna sin typiska endotoxinaktivitet. Lipopolysackarider kan förstöras fullständigt under starka alkaliska förhållanden.